С целью самореализации, саморазвития и совместного решения различных вопросов, улучшения качества студенческой жизнедеятельности в Университете созданы различные студенческие объединения.

К студенческим объединениям Университета относятся: совет обучающихся, студенческое научное общество, студенческие клубы. 

Совет обучающихся – коллегиальный представительный и координирующий орган обучающихся в Алферовском университете. Совет обучающихся создан в целях обеспечения реализации прав, обучающихся на участие в управлении образовательным процессом, решения важных вопросов жизнедеятельности студенческой молодежи, развития ее социальной активности, поддержки и реализации ее социальных инициатив.

Совет обучающихся формируется из числа обучающихся очной формы обучения. В совет входят председатель совета обучающихся и члены совета. В 2024 году было проведено 8 заседаний совета обучающихся. Представители cовета приняли участие в международном форуме студенческого самоуправления «Объединяя студенчество», съезде студенческого актива, форуме «Россия Студенческая», общероссийском форуме по развитию молодёжных сообществ в образовательных организациях «РОССТУДЕНТ».

Студенческое научное общество (СНО) – добровольное, самоуправляемое, некоммерческое объединение, созданное по инициативе обучающихся Университета, занимающихся научно-исследовательской, инновационной, научно- просветительской деятельностью. 

Студенческие клубы – это добровольные объединения, создаваемые на основе интересов обучающихся. В Университете действуют киноклуб, литературный клуб, спортивный клуб, клуб настольных игр, клуб теоретической физики, клуб английского языка, студенческий медиацентр.