Университет является образовательной и научной организацией высшего образования и науки, осуществляющей в качестве основной цели своей деятельности образовательную деятельность по образовательным программам высшего образования и научную деятельность как неотъемлемую часть образовательного процесса.
Профессиональное образование осуществляется по следующим уровням профессионального образования посредством реализации программ высшего образования:
− по уровню профессионального образования «высшее образование – бакалавриат» – программы бакалавриата;
− по уровню профессионального образования «высшее образование – магистратура» – программы магистратуры;
− по уровню профессионального образования «высшее образование – подготовка кадров высшей квалификации» – программы подготовки научно-педагогических кадров в аспирантуре.
Стратегическим партнером СПбАУ РАН им. Ж. И. Алферова в области как научной, так и образовательной деятельности является Физико-технический институт им. А. Ф. Иоффе РАН. В центре организационной структуры образовательного процесса лежит научно-образовательный кластер базовых кафедр, обеспечивающий непрерывную интенсивную подготовка физиков (теоретиков, экспериментаторов и технологов), способных реализовать передовые фундаментальные исследования и технологические разработки на мировом уровне для опережающего развития страны.
Аналогичная модель образовательного процесса используется для запуска в 2025 году программы высшего образования «Биотехнологии и цифровая биология», разрабатываемой совместно с институтом эволюционной физиологии и биохимии им. И. М. Сеченова РАН.
