“SARS нерукотворный” своими руками

В 2019 году в китайском Ухане началось распространение нового коронавируса SARS-cov-2, переросшее в пандемию. Геном первоначального штамма был быстро расшифрован и предоставлен общественности, что позволило отслеживать развитие нового патогена, начиная почти с самого его появления.

Разумеется, в обществе разгорелись жаркие споры по поводу лабораторного происхождения вируса. Огромный поток научных исследований и открытых данных позволил всем желающим самостоятельно разобраться в том, насколько “подозрителен” SARS-cov-2.
В свое время на ресурсе habr.ru нашумела публикация “SARS нерукотворный” (https://habr.com/ru/articles/546408/), в которой приводились различные свидетельства “странности” генома SARS-cov-2 с точки зрения его естественного происхождения. Не меньший ажиотаж вызвала и ответная, критическая публикация (https://habr.com/ru/articles/497956/).

В наши дни развитие методов биоинформатики позволяет исследовать происхождение геномов, для многих вычислений достаточно мощностей современного персонального ноутбука, а большая часть нужного ПО открыта, дает возможность каждому заняться биоинформатическим расследованием тайн “короны”.
Исследованием происхождения, эволюции и взаимодействия геномов занимается интереснейшая область вычислительной биологии – сравнительная геномика. Феномен нового коронавируса дает возможность познакомиться с этой областью вплотную, на живом примере.

В данном проекте мы повторим биоинформатические исследования, на которые ссылаются сторонники и той, и другой точек зрения на происхождение нового коронавируса, а также проведем дополнительные.

Приняв участие в данном проекте Вы научитесь 
●   Работать в современной российской биоинформатической платформе BioUML;
●   Оценивать сходства геномов разных вариантов вирусов; 
●   Находить явлений горизонтального переноса генов для адаптации паразита к хозяину;
●   Проводить филогенетический анализ и реконструировать эволюцию геномов вирусов и их отдельных элементов.